Die Schulkonferenz (SchuKo) „ist das Organ gemeinsamer Beratung und Beschlussfassung, in der Lehrerinnen und Lehrer, Eltern sowie Schülerinnen und Schüler (Schulgemeinde) zusammenwirken. Sie berät alle wichtigen Angelegenheiten der Schule und vermittelt bei Meinungsverschiedenheiten“ (§ 128 Abs.1 HSchG). Die Schuko der Marienschule besteht aus fünf Lehrkräften und fünf Eltern, ist also zu gleichen Teilen aus Lehrkräften und Eltern zusammengesetzt; den Vorsitz hat die Schulleiterin bzw. der Schulleiter. Die SchuKo hat Entscheidungsrechte, Beratungsrechte und Anhörungsrechte. Sie wird ebenfalls im Turnus von zwei Jahren neu gewählt und tritt etwa ein Mal im Schuljahr zusammen oder je nach Anlass.
Aktuell bis zum Herbst 2021 repräsentieren die folgenden Personen die Schulkonferenz der Marienschule:
Dorothée Koser, Susanne Ackermann, Karin Sommer, Annette Seib und Nicole Klittich als Vertreterinnen der Lehrerschaft und
Jessica Heß, Johanna Walter, Caroline Seib, Christina Brand und Nicole Löffler als Vertreterinnen der Elternschaft.
Für jedes Mitglied wurde für den Fall des Ausscheidens aus dem Gremium oder Verhinderung bei einer anberaumten Sitzung ein Ersatzmitglied nominiert.